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肝癌免疫治疗数据集锦
单细胞 · 空间转录组 · bulk · ATAC
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人源单细胞
Human · Single-cell
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01 GSE195648 HCC患者ICI治疗前后PBMC单细胞，固有淋巴细胞可塑性变化
设计对肝细胞癌（HCC）患者治疗前和治疗后的外周血单核细胞（PBMCs）中的固有淋巴细胞（ILCs）进行单细胞 RNA 测序，分析其组成和转录组特征变化，比较治疗前与治疗后 ILCs 的差异。
摘要Introduction: The role of innate lymphoid cells (ILC) in cancer and specifically in the context of hepatocellular carcinoma (HCC) is not well understood. Immune checkpoint inhibitors (ICI) have been …
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02 GSE220313 抗PD-1±HPK1抑制剂体外刺激后CD45+/CD8+细胞单细胞+TCR
设计对肝细胞癌等肿瘤的单细胞悬液进行anti-CD3抗体或肿瘤特异性刺激处理，同时使用HPK1抑制剂或抗PD-1阻断抗体，培养96小时后分选活的CD45+细胞或CD8+细胞进行单细胞RNA和TCR测序，比较不同处理组间的转录组差异。
摘要We aimed to analyze the transcriptomic difference of tumor-infiltrating immune cells treated with anti-PD-1 blockade and/or HPK1 inhibitor.
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03 GSE233405 ICB治疗HCC患者PBMC单细胞，LAG-3联合CD8评分预测应答
设计对6名接受免疫检查点阻断（ICB）治疗的肝细胞癌（HCC）患者外周血单核细胞（PBMCs）进行单细胞RNA测序，检测CD8、PD-L1、LAG-3和STAT1的组织蛋白表达。
摘要Introduction Immune checkpoint blockade (ICB) is a systemic therapeutic option for advanced hepatocellular carcinoma (HCC). However, low patient response rates necessitate the development of robust p…
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04 GSE235863 HBV+肝癌抗PD-1+仑伐替尼前后配对样本单细胞+TCR，T细胞动态与应答
设计对HBV+肝细胞癌患者肿瘤和血液样本进行单细胞RNA测序、单细胞TCR测序及HBV肽条码单细胞RNA测序，结合Bulk RNA测序，分析抗PD-1联合仑伐替尼治疗前后CD45+免疫细胞亚群的动态变化，比较不同响应状态（PR、CR、SD、PD、NR）患者的T细胞特征差异。
摘要The combination of immune checkpoint blockade and tyrosine kinase inhibitors has shown promising clinical benefits, but the underlying mechanisms driving response and resistance are poorly understood…
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05 GSE243572 RENOBATEⅡ期瑞戈非尼+nivolumab一线治疗PBMC单细胞，应答差异
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06 GSE272347 新辅助ICB治疗HCC外周血+肿瘤T/B细胞单细胞，TLS密度关联应答
设计对接受新辅助免疫检查点阻断治疗的肝细胞癌患者，采集手术前外周血及肿瘤组织样本，通过荧光激活细胞分选技术分离T和B细胞进行单细胞RNA测序。其中6/7患者样本为治疗后手术前获取，1例患者样本为术后4周采集，同时对切除肿瘤中的浸润性T和B细胞进行单细胞测序，分析三级淋巴结构密度差异与免疫细胞特征的关系。
摘要Tertiary lymphoid structures (TLS) are associated with improved response in solid tumors treated with immune checkpoint blockade (ICB), but understanding of their clinical significance and the circum…
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08 GSE287386 一线失败晚期HCC瘤内注射CRISPR PD-1敲除自体T细胞，治前治后单细胞
设计针对晚期肝细胞癌患者，收集治疗前和治疗后肿瘤组织样本，采用单细胞RNA测序分析肿瘤免疫微环境变化，比较治疗前后差异。
摘要The study aims to evaluate the efficacy and safety of a novel cell-based therapy for advanced hepatocellular carcinoma (HCC). Current guidelines for advanced HCC recommend systemic therapies, such as…
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09 GSE313642 索拉非尼+nivolumabⅡ期试验CITE-seq，Child-Pugh A/B免疫图谱
设计对肝癌患者进行多中心、单臂、开放标签的 II 期临床试验，评估 sorafenib 联合 nivolumab 的安全性和有效性，研究对象为未接受过系统治疗的晚期不可切除肝细胞癌（HCC）患者，根据 Child-Pugh 分级分为 A 或 B 类型。试验分为 Part 1 和 Part 2，Part 1 用于确定联合治疗的最大耐受剂量（MTD），Part 2 用于评估治疗相关不良事件（TRAE）的发生率。研究采集了患者治疗前和治疗期间的外周血单核细胞（PBMC），并采用 CITE-Seq 技术进行转录组和蛋白质组联合分析，比较不同 Child-Pugh 分级患者的免疫细胞特征差异。
摘要Background and aims: Immune checkpoint inhibition (ICI) and anti-angiogenic therapies are active in hepatocellular carcinoma (HCC), although patients with impaired hepatic function have worse outcome…
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10 GSE318418 索拉非尼+nivolumabⅡ期试验HCC患者scRNA，肝功能不全者免疫抑制单核细胞富集
设计对肝细胞癌患者肿瘤组织及邻近肝组织进行消化分离活细胞和CD45+细胞后，采用单细胞RNA测序技术分析不同肝功能状态（Child-Pugh A/B）下的免疫细胞特征，比较免疫抑制性单核细胞在肝功能不全患者中的富集情况。
摘要Background and aims: Immune checkpoint inhibition (ICI) and anti-angiogenic therapies are active in hepatocellular carcinoma (HCC), although patients with impaired hepatic function have worse outcome…
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11 GSE349540 Atezo+Bev应答/不应答HCC肿瘤单细胞，UCHL1驱动耐受性DC-Treg轴
设计该研究以探讨atezolizumab联合bevacizumab治疗耐药机制为目的，对确诊晚期肝细胞癌并接受一线atezolizumab联合bevacizumab治疗的患者，于治疗后手术切除时采集肝肿瘤组织，酶解制备单细胞悬液进行单细胞RNA测序；患者按临床应答分为应答者与非应答者两组，测序文库编号为HCC-R01至HCC-R05、HCC-NR01至HCC-NR05，共10个测序文库，比较两组肿瘤组织单细胞转录特征。
摘要Although immune-checkpoint blockade therapies have revolutionized cancer treatment, many patients fail to respond, highlighting the need to identify predictive biomarkers and target mechanisms that l…
人源空转
Human · Spatial transcriptomics
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01 GSE224411 卡博替尼+nivolumab新辅助HCC Visium空间谱（含PDAC样本），SpaceMarkers算法开发
设计对肝癌（HCC）样本、胰腺导管腺癌（PDAC）淋巴结样本及胰腺导管上皮内瘤变（PanIN）样本进行空间转录组学分析，其中 HCC 样本来自接受 cabozantinib 联合 nivolumab 新辅助治疗的 I 期临床试验，PDAClymphnode 样本来自接受 GVAX 疫苗新辅助治疗的胰腺癌患者，PanIN 样本为未经治疗的胰腺癌患者。所有样本均通过手术获取，HCC 和 PDAClymphnode 样本经 OCT 试剂保存，PanIN 样本经福尔马林固定石蜡包埋，制备 5um 切片后置于 Visium 载玻片进行空间转录组学检测，未设置实验重复。
摘要Recent advances in spatial transcriptomics (ST) enable gene expression measurements from a tissue sample while retaining its spatial context. This technology enables unprecedented in situ resolution …
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02 GSE238264 新辅助卡博替尼+nivolumab应答/不应答HCC Visium空间谱，耐药与复发机制
设计对肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境（TME）进行空间转录组分析，比较接受新辅助治疗（卡博替尼+nivolumab）后出现病理反应与未出现反应的患者样本。采用Visium空间转录组技术检测肿瘤组织中免疫细胞及癌相关成纤维细胞（CAF）的基因表达特征，分析两组间肿瘤微环境的分子与细胞差异，包括炎症信号通路激活、PAX5模块表达及ECM重塑相关基因（FOS、JUN）的差异性变化。
摘要Novel immunotherapy combination therapies have improved outcomes for patients with hepatocellular carcinoma (HCC), but responses are limited to a subset of patients. Little is known about the inter- …
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03 GSE320059 Nur77状态分层HCC GeoMx数字空间谱（含水对照孔），NK细胞免疫
人源bulk
Human · Bulk RNA-seq
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01 GSE157893 HCC患者TIL体外PD1-IL15融合蛋白或anti-PD1+IL-15刺激后bulk
设计对肝细胞癌患者来源的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）进行体外培养，分别设置对照组（未处理）、PD1-IL15抗体融合蛋白处理组及抗PD1抗体与IL-15激动剂联合处理组，每组培养9天后通过FACS分选CD4+和CD8+ TILs，提取总RNA进行RNA-Seq分析，比较不同处理条件下TILs的转录组差异。
摘要Background: Cancer Immunotherapy with cytokines has demonstrated clinical efficacy but is frequently accompanied with severe adverse events caused by excessive and systemic immune activation. Here, w…
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02 GSE174570 57例HCC肿瘤+癌旁中性粒细胞特征array分型（cabozantinib+anti-PD1研究的人体验证臂）
设计收集57名肝癌患者的新鲜冷冻肿瘤组织和非肿瘤相邻肝组织，采用Affymetrix Human Genome U219 Array Plate进行全基因组表达分析，根据组织中中性粒细胞特征聚类样本并评估其对患者生存的影响。
摘要Background & Aims: Immune checkpoint inhibitors combined with anti-angiogenic agents produces benefits in the treatment of advanced hepatocellular carcinoma (HCC). We investigated the efficacy and im…
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03 GSE190967 113例非病毒性肝癌bulk分子分型，肿瘤内脂肪变关联耗竭型免疫微环境
设计对113例非病毒性肝癌患者的手术切除肿瘤组织进行全基因组RNA测序，通过无监督聚类将其分为3个与预后相关的分子亚类，并进一步分析具有肿瘤内脂肪变性的免疫富集但耗竭的亚类，比较其与其他亚类的差异。
摘要Immunotherapy becomes standard-of-care treatment of hepatocellular carcinoma (HCC) but still limited number of patients benefit from immunotherapy due to the high heterogeneity of tumor immune-microe…
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04 GSE202069 41例HCC肿瘤+25例癌旁bulk，含17例anti-PD-1治疗带应答数据，脂肪酸降解分型
设计研究对象为肝细胞癌患者的肿瘤及相邻非肿瘤肝组织，样本来自44名接受根治性切除的患者，时间范围为2019年1月至2021年6月。66个样本包含41例肿瘤组织与25例非肿瘤组织，其中17例接受抗PD1治疗并提供临床反应数据。研究通过mRNA表达分析、共识聚类、通路富集及ssGSEA方法，比较治疗组与未治疗组的基因表达差异，评估脂肪酸降解相关分子分类对免疫治疗反应的预测价值。
摘要Immune checkpoint inhibitors elicit durable antitumor effects in multiple cancers, yet not all patients respond. Here, we aimed to develop and validate a molecular classification of hepatocellular ca…
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05 GSE212529 MTFR2塑造HCC免疫微环境屏障bulk，含anti-PD-1治疗与对照组
设计对肝癌患者来源的bulk RNA测序数据进行比较基因表达分析，涵盖接受anti-PD-1免疫治疗组与未接受治疗对照组，检测HCC组织中MTFR2表达水平及其与免疫微环境的关系。
摘要Hepatocellular carcinoma (HCC) is a leading cause of cancer-related death in the world. Mitochondrial fission regulator 2 (MTFR2) is involved in the development of various cancers. However, the roles…
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06 GSE261186 Atezo+Bev治疗中CTC系列捕获373基因panel动态，监测进展
设计对肝细胞癌患者进行atezolizumab+bevacizumab治疗，收集循环肿瘤细胞，通过靶向RNA测序分析与干细胞潜能、EMT、HCC进展和免疫治疗相关的373个基因的表达变化，比较治疗期间TGF-β信号分子与凋亡信号分子的表达差异。
摘要Background and aims: Immune checkpoint inhibitors have promising outcomes in patients with hepatocellular carcinoma (HCC); however, there is no reliable biomarker for predicting disease progression. …
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07 GSE265769 HCC-PDX人源化小鼠anti-PD-1/anti-TIGIT/联合治疗肿瘤bulk
设计将肝细胞癌患者源异种移植模型（HCC-PDX）植入人源化小鼠，分组接受盐水、抗PD-1抗体、抗TIGIT抗体或联合抗PD-1/抗TIGIT抗体治疗（每组n=3），采集肿瘤组织进行bulk RNA测序，比较不同治疗组间基因表达差异。
摘要In solid tumors, the exhaustion of natural killer (NK) cells and cytotoxic T cells in the immunosuppressive tumor microenvironment poses challenges for effective tumor control. Conventional humanized…
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08 GSE272346 新辅助ICB治疗HCC术后FFPE肿瘤bulk，TLS密度与病理应答
设计该数据集纳入接受新辅助免疫检查点阻断（ICB）治疗的局部晚期肝细胞癌患者，于治疗后手术切除时采集肿瘤组织，对14个福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肿瘤样本提取total RNA进行bulk RNA测序；主要比较为肿瘤内三级淋巴结构（TLS）密度高与低的肿瘤间基因表达差异，以探讨TLS与免疫治疗反应的关系。记录的整体设计说明中另提及匹配外周血与肿瘤的单细胞RNA及TCR/BCR测序（另行共享），不属于本系列内容。
摘要Tertiary lymphoid structures (TLS) are associated with improved response in solid tumors treated with immune checkpoint blockade (ICB), but understanding of their clinical significance and the circum…
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09 GSE279750 anti-PD-L1治疗10例HCC应答/不应答bulk，ACE2低表达关联耐药
设计对接受 anti-PD-L1 治疗的 10 例肝细胞癌（HCC）患者样本进行 RNA 测序，按应答状态分为 4 例非应答者和 6 例应答者，比较两组间 ACE2 表达差异及相关基因转录特征。
摘要Anti-PD-L1-based combination immunotherapy has become the first-line treatment for unresectable hepatocellular carcinoma (HCC). However, the objective response rate is lower than 40%, highlighting th…
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10 GSE285963 Atezo+Bev治疗晚期HCC肿瘤bulk转录谱，应答生物标志物
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11 GSE287319 DEPARTUREⅠb：碳离子放疗+durvalumab/tremelimumab治疗MVI型HCC治前治后bulk
设计对肝细胞癌（HCC）伴大血管侵犯患者治疗前肝组织活检样本与治疗后42天非照射病变样本进行RNA-seq，比较不同治疗方案下基因表达特征变化。治疗方案包括碳离子放疗联合durvalumab和tremelimumab，以及碳离子放疗联合durvalumab单药治疗。
摘要Hepatocellular carcinoma (HCC) with macrovascular invasion carries a poor prognosis, necessitating novel therapeutic strategies. This phase Ib trial evaluated the safety and preliminary efficacy of c…
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12 GSE332629 不可切除HCC系统治疗（Atezo+Bev/STRIDE/仑伐替尼）CTC靶向RNA测序系列监测
设计以接受系统性治疗的不可切除肝细胞癌患者外周血中循环肿瘤细胞（CTC）为对象，设置Atezo+Bev、STRIDE和lenvatinib三种治疗。数据集含6个测序文库，对应三种治疗各治疗前基线与应答评估两个时点；提取总RNA，用覆盖干细胞潜能、上皮间质转化、HCC进展和免疫治疗相关373个基因的NGS panel进行扩增子靶向RNA测序，比较各治疗组治疗前后CTC的分子表达变化。摘要载明共收集63例患者外周血；本数据集未说明各文库对应的患者数或是否混池。
摘要Aim: The strategy of systemic therapy for hepatocellular carcinoma (HCC) has drastically changed with the introduction of combination immunotherapy. However, clinically useful biomarkers for evaluati…
人鼠都有
Human × Mouse
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01 GSE335904 SLC1A5谷氨酰胺代谢节点体内外CRISPR筛选ATAC（人肝癌细胞系+鼠肝肿瘤），免疫治疗应答调控
设计对人类肝癌细胞系 LM3 及小鼠肝肿瘤细胞在体外高/低葡萄糖培养条件与体内对照饮食/限制饮食状态下进行 bulk ATAC-seq，比较不同营养应激条件与 MYC 活性、SLC1A5 转录相关的染色质可及性差异。
摘要Tumor cells often evade immune pressure via metabolic reprogramming, yet the key metabolic regulators orchestrating this process remain poorly defined. Here, using in vivo metabolic CRISPR screening …
鼠源单细胞
Mouse · Single-cell
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01 GSE144635 NASH-HCC小鼠anti-PD-1/anti-CD8治疗后肝T细胞单细胞，PD-1疗法促瘤悖论
设计对12个月NASH饮食后接受8周PD-1靶向免疫治疗的C57BL/6小鼠肝组织CD4+或CD8+T细胞进行单细胞RNA测序，比较不同处理组（CDHFD1+anti-PD1、CDHFD+anti-CD8、ND）间CD8+PD-1+T细胞转录特征差异。
摘要Whereas some cancer types (e.g. melanoma) can be efficiently treated with immunotherapy, others lack measurable positive effects (e.g. PDAC ). Moreover, stratification of responders/non-responders is…
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02 GSE232023 原位肝癌小鼠anti-PD-1 vs同型对照，浸润CD45+细胞单细胞
设计对肝癌移植瘤小鼠进行anti-PD-1和同型对照治疗，分选肿瘤浸润的CD45+免疫细胞进行单细胞RNA测序，比较两种治疗下的细胞转录组差异。
摘要The anti-PD-1 mAb is a type of immunotherapy known to have a significant impact on tumor immune components. In this study, we utilized single-cell RNA sequencing (scRNAseq) to analyze infiltrating im…
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03 GSE244613 对照/免疫治疗/免疫治疗+REM三组TIL单细胞时间梯度，ac4C修饰髓系调控
设计对肝细胞癌小鼠模型的肿瘤浸润淋巴细胞进行单细胞RNA测序，比较对照组、免疫治疗组和免疫治疗加REM组在1周和2周时的基因表达差异。每组在两个时间点各包含2个样本，总样本数为12。
摘要To resolve the patterns of TILs in HCC, we performed scRNA-seq on the TILs isolated from the three groups (P: control group, T: immunotherapy group, TR: immunotherapy plus REM group; n=2 per group) a…
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04 GSE249999 Prmt3敲除vs野生Hepa1-6荷瘤CD45+单细胞，PRMT3介导ICB耐药
设计将Prmt3基因敲除（KO）和野生型（WT）Hepa1-6肝癌细胞系的皮下肿瘤组织分选CD45+细胞，采用单细胞RNA测序技术分析其转录组特征，比较KO与WT组间差异。共采集6个GSM样本，按基因型分组，每组估计3个样本。
摘要Hepatocellular carcinoma (HCC) is a highly lethal cancer for which current available treatment options have limited efficacy. Immunotherapy has emerged as a promising therapeutic option for HCC, yet …
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05 GSE266200 地塞米松预处理+双重ICB的HCC模型T细胞单细胞，预处理不影响疗效
设计对皮下 Hepa1-6 和原位 BNL 1MEA.7R.1 同源肝细胞癌模型小鼠的肿瘤浸润 T 细胞进行单细胞 RNA 测序，比较低剂量（10 μg）和高剂量（200 μg）地塞米松预处理组与相应对照组的基因表达差异。
摘要This study aims to investigate whether corticosteroid premedication may compromise antitumor efficacy of dual ICB, a regimen that may cause significant irAEs. The results signal a green light for fur…
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06 GSE268163 Hepa1-6模型anti-PD1长短程治疗T细胞单细胞，耗竭网络与耐药
设计针对肝癌免疫治疗研究，建立两个单细胞肝细胞癌（HCC）小鼠模型，使用C57BL/6品系接种Hepa1-6细胞系，当肿瘤体积达200 mm3时随机分组接受anti-PD1或同型对照治疗。短期治疗每两天一次持续至第19天，第20天处死；长期治疗每两天一次至第19天后每周一次，持续至第57天处死。采集肝组织进行单细胞RNA测序，比较不同治疗时长下anti-PD1处理组与对照组的T细胞耗竭状态差异。
摘要Tumor-specific CD8+ T lymphocytes are crucial for anti-cancer immunity but can lose cytotoxic function in the immunosuppressive tumor microenvironment. Immune checkpoint blockade (ICB), like anti-PD-…
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07 GSE268165 同研究配套：CD8 T scRNA+scATAC多时点（gp33肽/IL-2/antiPD1处理）
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08 GSE273080 SRSF10剪接因子敲低HCC肿瘤单细胞，糖酵解-免疫微环境轴（免疫治疗机制）
设计对肝细胞癌（HCC）肿瘤组织进行单细胞 RNA 测序，比较野生型（WT）与 SRSF10 敲低（shSrsf10）小鼠的转录组差异，以研究 SRSF10 对肿瘤免疫微环境的影响。
摘要The efficacy of immune checkpoint blockade (ICB) therapy in hepatocellular carcinoma (HCC) patients remains poor. This article aims to uncover the role and mechanism of SRSF10 in HCC immunotherapy. S…
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09 GSE275837 CAR-巨噬细胞胞外囊泡治疗Hepa1-6原位瘤单细胞
设计使用 Hepa1-6 原位肿瘤小鼠模型，将肿瘤组织总细胞分为 CAR-MEVs 处理组与 PBS 对照组，采集样本进行单细胞 RNA 测序，比较两组间转录组差异。
摘要Immunotherapy has become a new milestone in cancer treatment, with chimeric antigen receptor (CAR)-T cell therapy proven to be an effective method for treating hematologic malignancies. However, its …
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10 GSE291594 Aoah过表达MYC-Luc自发肝癌CD45+单细胞+TCR/BCR，检查点阻断调控背景
设计针对肝癌免疫治疗单细胞研究，对自发性肝细胞癌肿瘤模型小鼠的 CD45+ 细胞进行单细胞 RNA 测序，比较 MYC-Luc（无 OS 抗原）与 MYC-LucOS（含 OS 抗原）模型中 Aoah 过表达对免疫细胞的影响。实验采用 C57BL/6 小鼠，通过尾静脉注射含 MYC-Luc、MYC-LucOS、CTNNB1 激活质粒的混合液建立肿瘤模型，同时设置对照组（PKT2/CLP-Vec）以研究 Aoah 过表达对免疫检查点阻断的调控作用。
摘要Secreted proteins are central mediators of intercellular communications and can serve as therapeutic targets in diverse diseases. The ~1903 human genes encoding secreted proteins are difficult to stu…
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11 GSE291964 人源化CD36阻断抗体PLT012治疗肝癌CD45+细胞单细胞，解除Treg/CD8代谢抑制
设计将C57BL/6小鼠肝肿瘤中分选的CD45+肿瘤浸润细胞分为PLT012抗体处理组与对照组抗体处理组，分别构建PLT012与PLT_CTL两个测序文库，采用10× Genomics平台并借助CellPlex试剂进行样本混池，行单细胞RNA测序，比较两组肿瘤浸润免疫细胞的转录特征，以探讨CD36阻断抗体PLT012对肝肿瘤免疫应答的影响。
摘要Tumor cells develop various strategies to evade immune surveillance, one of which is the modulation of the metabolic state of the tumor microenvironment (TME). In response to metabolic stress in the …
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12 GSE301487 Wdr4髓系敲除原位HCC CD45+单细胞，TAM重编程与CpG-siRNA联用背景
设计将 Wdr4^f/f 和 Wdr4^f/f Lyz2-Cre(Wdr4^cKO) 小鼠建立异位肝细胞癌模型，收集肿瘤组织后分离 CD45+ 免疫细胞进行单细胞 RNA 测序，比较两组小鼠肿瘤相关巨噬细胞的转录组差异。
摘要Tumor-associated macrophages (TAMs) play a pivotal role in shaping the tumor microenvironment of hepatocellular carcinoma (HCC), profoundly influencing disease progression and clinical outcomes. WDR4…
鼠源空转
Mouse · Spatial transcriptomics
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01 GSE270415 LNP-CTNNB1靶向β-catenin治Wnt突变HCC小鼠（CTNNB1/MET/IRF2模型）空间+单细胞
设计对肝癌模型小鼠肝组织进行CTNNB1_MET_CTRL与CTNNB1_MET_IRF2处理，采用单细胞和空间转录组学检测，比较两组间细胞与区域重编程及免疫微环境变化。
摘要First-line immune checkpoint inhibitor (ICI) combinations have shown responses in subsets of patients with advanced hepatocellular carcinoma (HCC). Nearly half of patients are Wnt active with mutatio…
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02 GSE270714 同研究配套：T41A-β-catenin+NFE2L2模型LNP-CTNNB1 vs对照单细胞
设计将T41A-beta-catenin + G31A-NFE2L2肝癌模型小鼠的肝组织分为对照组和治疗组，分别使用LNP-CTRL或LNP-CTNNB1处理，进行单细胞RNA测序，比较两组间肿瘤细胞转录特征及免疫微环境变化。
摘要First-line immune checkpoint inhibitor (ICI) combinations have shown responses in subsets of patients with advanced hepatocellular carcinoma (HCC). Nearly half of patients are Wnt active with mutatio…
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03 GSE290444 同研究配套：S45Y-β-catenin+hMET±POU2F1模型bulk
设计对FVB/NJ雄性小鼠的肝组织进行RNA-Seq，比较S45Y-beta-catenin + hMET模型与S45Y-beta-catenin + hMET + POU2F1模型的转录组差异。
摘要First-line immune checkpoint inhibitor (ICI) combinations have shown responses in subsets of patients with advanced hepatocellular carcinoma (HCC). Nearly half of patients are Wnt active with mutatio…
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04 GSE290445 同研究配套：Visium空间谱，LNP-CTNNB1应答/不应答分型
设计将T41A-beta-catenin + G31A-NFE2L2肝癌模型小鼠分为对照组（BL-551，LNP-CTRL）和处理组（BL-584、BL-587为LNP-CTNNB1 NR表型；BL-585、BL-586为LNP-CTNNB1 R表型），于8周后开始治疗，采集肝脏组织进行空间转录组学分析，结合单细胞测序，比较各组间肿瘤细胞重编程及免疫微环境差异。
摘要First-line immune checkpoint inhibitor (ICI) combinations have shown responses in subsets of patients with advanced hepatocellular carcinoma (HCC). Nearly half of patients are Wnt active with mutatio…
鼠源bulk
Mouse · Bulk RNA-seq
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01 GSE120714 细胞外囊泡共递送anti-PD-1+β-catenin siRNA治HCC小鼠，应答/不应答bulk
设计使用由 MET/β-catenin 表达诱导的实验性肝癌小鼠模型，通过细胞外囊泡递送 anti-PD-1 和 β-catenin siRNA，采集肝脏组织进行 RNA 测序，比较不同治疗反应组（responder、non-responder、non treatment）的基因表达差异。样本量为 11，按总单位数与组数估计。
摘要Combination therapy with anti PD-1 and β -catenin siRNA delivered using biological nanoparticles provide an effective strategy for the treatment of Hepatocellular carcinoma.
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02 GSE153203 Hepa1-6同源模型安慰剂/仑伐替尼/anti-PD1/联合四臂肿瘤array
设计对肝癌同源小鼠模型的肿瘤样本进行转录组分析，将动物随机分为接受安慰剂、lenvatinib、anti-PD1 或联合治疗的四组，分别采用口服灌胃和腹腔注射方式给予相应处理，采集肿瘤组织进行基因表达检测，比较不同治疗策略下的转录特征差异。
摘要Lenvatinib is an effective drug in advanced hepatocellular carcinoma (HCC). Its combination with the anti-PD1 immune checkpoint inhibitor pembrolizumab has achieved encouraging results in phase Ib an…
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03 GSE174770 cabozantinib/anti-PD1/联合/安慰剂四臂小鼠HCC肿瘤微阵列
设计将C57BL/6J小鼠皮下HCC肿瘤模型随机分为安慰剂组、cabozantinib组、anti-PD1组及联合治疗组，于实验第14天处死动物后提取肿瘤组织进行微阵列转录组分析，比较各组间基因表达差异。
摘要Background & Aims: Immune checkpoint inhibitors combined with anti-angiogenic agents produces benefits in the treatment of advanced hepatocellular carcinoma (HCC). We investigated the efficacy and im…
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04 GSE179352 anti-PD-1/IFN-α/联合处理小鼠HCC细胞bulk
设计对肝癌免疫治疗的小鼠HCC细胞进行bulk RNA测序，比较anti-PD-1单抗、IFN-α、anti-PD-1联合IFN-α处理组与未处理对照组的基因表达差异。
摘要We report the application of next generation sequencing technology for high-throughput profiling of transcriptome in HCC murine cells treated by anti-PD-1 or IFN-α or anti-PD-1 combined with IFN-α
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05 GSE244343 Atf6敲除vs野生DEN/HFD肝肿瘤bulk，ATF6α代谢性限制免疫监视
设计将Atf6+/+野生型与Atf6-/-敲除小鼠分别于2周龄腹腔注射二乙基亚硝胺(DEN),随后予高脂饮食喂养,38周龄处死并取肝脏肿瘤组织;两种基因型各3个重复,共6个样本;从速冻肝组织提取总RNA进行RNA测序,比较Atf6敲除与野生型肿瘤组织的基因表达差异。
摘要Hepatocellular carcinoma (HCC) is the fastest growing cause of cancer-related mortality with limited therapies. While endoplasmic reticulum (ER)-stress and the unfolded protein response (UPR) are imp…
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06 GSE272309 B细胞清除+anti-PD1+anti-CTLA4处理Hepa1-6模型bulk，B细胞应答作用
设计对小鼠肝细胞癌模型（Hepa1-6细胞，C57BL/6）进行RNA测序，比较野生型（WT）与B细胞耗尽状态下接受同型对照或anti-PD1+antiCTLA4处理的样本基因表达差异。研究对象为小鼠肝细胞癌组织，采用cDNA文库策略，通过RNA-Seq技术检测总RNA表达，样本按基因型（WT vs B-cell depletion）和处理条件（isotype vs anti-PD1+antiCTLA4）分组，总共有21个GSM样本。
摘要B cells may play a critical role in the response to immune checkpoint inhibitor treatment. To investigate the mechanisms, we performed RNA-seq analysis on mouse hepatocellular carcinoma by depleting …
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07 GSE275346 CAR-巨噬细胞胞外囊泡vs PBS治疗小鼠原位肝癌肿瘤bulk
设计将肝癌模型小鼠分为CAR-MEV治疗组和PBS对照组，每组5只，采集肿瘤组织进行RNA测序，比较两组的转录组差异。
摘要Immunotherapy has become a new milestone in cancer treatment, with chimeric antigen receptor (CAR)-T cell therapy proven to be an effective method for treating hematologic malignancies. However, its …
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08 GSE276234 CXCR4拮抗剂纳米颗粒处理HCA-1模型bulk，TME重编程增敏免疫治疗
设计将肝癌细胞系 HCA-1 植入 C3H 小鼠肝脏形成肿瘤模型，分为纳米颗粒载 CXCR4 抑制剂 BPRCX807 处理组与未处理对照组，于第 15、16、17 天进行静脉给药，第 17 天采集肿瘤样本进行 RNA 测序，比较两组基因表达差异。
摘要Hepatocellular carcinoma (HCC) is a leading cause of cancer death, with limited treatment options for advanced stages. Although PD-1 inhibitors like nivolumab and pembrolizumab are approved for advan…
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09 GSE289163 咪喹莫特（TLR7激动剂）纳米囊泡治疗HCA-1原位肝癌bulk
设计将1×10^6小鼠肝细胞癌HCA-1细胞原位接种于6–8周龄雄性C3H小鼠肝包膜下建立肝癌模型，接种后第17天经静脉给予装载Imiquimod的不含磷脂单层囊泡（PFSUV-IMQ），3小时后取肿瘤组织提取总RNA构建cDNA文库进行RNA测序；设IMQNP处理组与对照组各4个肿瘤样本，比较给药与未给药肿瘤的基因表达差异。
摘要Liver cancers are often diagnosed at advanced stages and the fourth most common cause of cancer death globally. Addition to primary tumours, liver metastases are also common from other cancer sites l…
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10 GSE291032 髓系Trem2敲除+anti-PD-1治疗后肝肿瘤bulk
设计对肝癌免疫治疗相关小鼠肝肿瘤组织进行RNA测序，比较LysM-Cre与TREM2-MKO小鼠在anti-PD-1治疗后的转录组差异。样本来自肝肿瘤组织，按基因型分为LysM-Cre（n=3）和TREM2-MKO（n=3）两组，采用RNA-Seq技术检测polyA RNA表达，数据经STAR对齐和featureCounts计数处理。
摘要Immune-checkpoint blockade (ICB) therapies have transformed the treatment landscapes of solid malignancies, including hepatocellular carcinoma (HCC), which is currently the sixth most common cancer a…
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11 GSE291586 Aoah过表达MYC-Luc自发肝癌bulk（Luc vs LucOS抗原模型）
设计对小鼠自发性肝细胞癌肿瘤进行 bulk RNA-seq 分析，比较 MYC 过表达肿瘤是否携带 OVA+SIN+SIY (OS) 抗原的分子特征差异。研究采用两种模型：MYC-Luc 模型（无 OS 抗原）和 MYC-LucOS 模型（含 OS 抗原），均通过尾静脉注射含 10 μg pT3-EF1a-MYC-IRES-luciferase 质粒诱导，同时注射 3:1 比例的转座子至 SB100 转座酶编码质粒混合液。检测对象为 C57BL/6 小鼠的 bulk 肿瘤组织，采用 RNA-Seq 技术分析 Aoah 过表达对肿瘤免疫特征的影响，主要比较 Luc 与 LucOS 模型的转录组差异。
摘要Secreted proteins are central mediators of intercellular communications and can serve as therapeutic targets in diverse diseases. The ~1903 human genes encoding secreted proteins are difficult to stu…
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12 GSE296090 anti-PD-L1+polyIC vs anti-PD-L1+anti-VEGF联合策略比较bulk
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13 GSE298822 G9a敲除vs野生Hepa1-6细胞RNA测序，CXCL10表观沉默与抗肿瘤免疫
设计对肝癌细胞系 Hepa 1-6 的野生型（WT）及 G9a 敲除株进行 RNA 测序，比较其基因表达差异以研究 G9a 对抗肿瘤免疫的表观遗传调控作用。
摘要The immunosuppressive tumor microenvironment, characterized by limited immune cell infiltration, represents a major challenge for effective immunotherapy in hepatocellular carcinoma (HCC). Epigenetic…
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14 GSE301030 STING激动剂±ICB处理肝纤维化背景HCC模型bulk，B细胞介导耐药
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15 GSE301138 p53 mRNA纳米药±ICB治疗HCC小鼠肿瘤bulk
设计采用小鼠肝细胞癌（HCC）肿瘤组织，通过RNA-seq检测p53 mRNA纳米治疗、免疫检查点阻断（ICB）及两者联合治疗对免疫微环境转录组的影响，比较不同处理方式下肿瘤组织的转录变化。
摘要Immunotherapy with immune checkpoint blockade (ICB) has shown limited benefits in hepatocellular carcinoma (HCC) and other cancers, mediated in part by the immunosuppressive tumor microenvironment (T…
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16 GSE301139 瑞戈非尼±anti-PD1梯度剂量HCC小鼠肿瘤bulk，CXCL10介导CD8浸润
设计对肝癌模型小鼠的肿瘤组织进行RNA测序，比较regorafenib联合抗PD1治疗与单独使用regorafenib或抗PD1治疗的转录组差异。将小鼠按不同regorafenib剂量（5、10或20 mg/kg）口服处理，同时接受抗PD1抗体（10 mg/kg腹腔注射每周三次）或未处理，采集肿瘤组织进行RNA-Seq分析。
摘要Background and purpose: Combining inhibitors of vascular endothelial growth factor and the programmed cell death protein 1 (PD1) pathway has shown efficacy in multiple cancers, but the disease-specif…
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17 GSE301140 anti-PD-1±anti-VEGFR-2双阻断HCC小鼠bulk，血管正常化
设计对肝癌模型小鼠的肿瘤组织进行RNA-seq检测，比较anti-PD-1单抗、dual anti-PD-1/VEGFR-2联合治疗及未处理组的转录组变化。研究采用时间匹配的样本收集方式，通过阻断VEGFR-2或PD-1信号通路观察对肿瘤血管生成和免疫微环境的影响。
摘要Background and aims: Activation of the antitumor immune response using programmed death receptor-1 (PD-1) blockade showed benefit only in a fraction of patients with hepatocellular carcinoma (HCC). C…
边缘条目（单列）
Borderline · 免疫治疗直接性较弱，单列备查
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01 GSE288889 LCMV慢性感染P14 CD8 T细胞ICOS敲除ATAC，Tpex/Tex染色质图谱（慢性感染模型非肿瘤样本，作肿瘤免疫治疗机制参照）
设计将 P14（LCMV 特异性 CD8 T 细胞）分别电穿孔 Cas9/gRNA 对照（sgCtrl）或靶向 Icos 的 sgICos，转移至小鼠体内并在 LCMV c13 感染后慢性感染阶段（>42DPI）进行实验。每组 2-3 只小鼠按实验重复池化，从脾脏分离 CD8 T 细胞，分为 CD39neg PD1+ 的 Tpex（sgCtrl 和 sgICos）及 CD39+ PD1+ 的 Tex（sgCtrl 和 sgICos），进行 ATAC-seq 分析以比较不同基因型下 Tpex 和 Tex 的染色质可及性差异。检测对象为 CD8 T 细胞，被测材料包括 sgCtrl 和 sgICos 基因型，实验分组为 Tpex_sgCtrl、Tpex_sgIcos、Tex_sgCtrl、Tex_sgIcos，检测方式为 ATAC-seq，主要比较 Tpex 与 Tex 在不同基因型下的染色质可及性变化。
摘要During persistent antigen stimulation, PD-1+CD8 T cells are maintained by progenitor exhausted PD-1+TCF-1+CD8 T cells (Tpex). Tpex respond to PD-1 blockade, and regulation of Tpex differentiation int…
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02 GSE331440 HFD/CCl4诱导非肿瘤MASH纤维化模型anti-PD-1 vs同型全肝bulk，PD-1阻断与肝纤维化（非肿瘤肝病模型）
设计将HFD/CCl4诱导的MASH模型小鼠分为抗PD-1抗体组与同型对照组，每组3只，通过whole-liver bulk RNA-seq比较两组基因表达差异。
摘要Immune checkpoint inhibitors (ICIs) show variable efficacy in hepatocellular carcinoma (HCC) depending on etiology. In metabolic dysfunction-associated steatohepatitis (MASH), PD-1+ CD8+ T cells may …
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