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结直肠癌免疫治疗数据集锦
单细胞 · 空间转录组 · bulk · 甲基化
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人源单细胞
Human · Single-cell
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01 GSE205506 19例dMMR肠癌新辅助PD-1前后肿瘤单细胞，免疫+基质重塑
设计对19例d-MMR/MSI-H结直肠癌患者进行新辅助PD-1阻断治疗，采集肿瘤组织进行单细胞RNA测序，比较治疗组与未治疗对照组间免疫细胞（CD8+ Trm-mitotic、CD4+ Tregs、proinflammatory IL1B单核细胞及CCL2+Fibroblast）与基质细胞（CD8+ Tem、CD4+ Th、CD20+ B、HLA-DRA+内皮细胞）的比例变化。
摘要Immune checkpoint inhibitor (ICI) therapy can induce complete responses in mismatch repair-deficient and microsatellite instability-high (d-MMR/MSI-H) colorectal cancers (CRCs). However, the mechanis…
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02 GSE222300 MSI-H/POLE突变肠癌活检治疗前后单细胞，分子分型与预后
设计对两名未经治疗的结直肠癌患者（MSI-high/TIB-high 和 POLE-mutant/TMB-UH 基因型）进行单细胞测序，采集其肿瘤及相邻正常组织的内镜活检样本，分别在基线和完成两疗程新辅助治疗后检测，比较治疗前后肿瘤与正常组织的单细胞转录组差异。
摘要We performed single cell sequencing to validate the genomic-guided predictive efficacy of immunotherapy and comprehend the interactions between tumor cells and immune-system cells in cases of wtih co…
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03 GSE235917 RAS突变mCRC一线双免+化疗，PBMC+肿瘤单细胞
设计对RAS突变不可切除转移性结直肠癌患者，采集PBMC和肿瘤组织样本，分别在化疗周期1、周期2及手术时进行处理，采用单细胞RNA测序技术分析基因表达，比较响应者与非响应者的转录组差异。
摘要While patients with microsatellite instable, metastatic colorectal cancer (CRC) benefit from immune checkpoint blockade, chemotherapy with targeted therapies remains the only therapeutic option for m…
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04 GSE236581 22例肠癌抗PD-1新辅助多时点多组织单细胞+TCR
设计对22例结直肠癌患者在抗PD-1新辅助治疗不同阶段（Pre/On/Post）的肿瘤组织、邻近正常组织、外周血及淋巴结样本进行单细胞RNA测序与TCR测序，分析治疗过程中局部与全身免疫细胞动态变化。比较治疗前后不同组织来源的单细胞转录组特征，重点解析耗竭T细胞与肿瘤反应性CD8 T细胞的演变规律及与其他肿瘤富集细胞类型的关联性。
摘要Expanding the efficacy of immune checkpoint blockade (ICB) in colorectal cancer (CRC) patients presses for a comprehensive understanding of treatment responsiveness. Here, we analyzed 169 single-cell…
人源空转
Human · Spatial transcriptomics
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01 GSE326101 MSS肠癌化免治疗Visium空转，空间特征预测响应
设计对微卫星稳定型转移性结直肠癌患者治疗前、治疗后及治疗前后连续样本进行空间转录组分析，比较肿瘤突变负担变化与进展无病生存率的关系，评估治疗响应者与非响应者间肿瘤微环境的空间免疫特征差异。采用Visium空间转录组技术检测FFPE肿瘤组织，分析治疗后突变负荷增加与生存获益的关联，同时通过空间定位揭示响应者肿瘤和基质区室中细胞毒性T细胞富集，而非响应者则表现出纤维细胞与T细胞邻近的异质性微环境。纵向外周免疫分析显示 TMZ暴露后早期TIGIT和PD-1上调预测耐药。
摘要Microsatellite-stable (MSS) colorectal cancers (CRC) are largely unresponsive to immune checkpoint inhibition (ICI). The MAYA trial used temozolomide (TMZ) in MGMT-silenced MSS mCRC, hypothesizing th…
人源bulk
Human · Bulk RNA-seq
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01 GSE152904 肝癌/肠癌TIL体外OX40激动抗体刺激bulk
设计对结直肠癌患者来源的肿瘤浸润性淋巴细胞（TILs）进行 RNA-Seq，比较其在体外培养 3-5 天时接受 CD3/28 激活珠（对照）或额外添加 αOX40_v12 抗体处理后的转录差异。样本按细胞类型（CD4+、CD8+、Treg、Th）和培养时长（3d、4d、5d）分组，每组包含对照与处理条件。
摘要Background: OX40 (CD134) is a co-stimulatory molecule of the tumor necrosis factor receptor (TNFR) superfamily, that is currently investigated as a target for cancer immunotherapy. However, despite p…
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02 GSE179351 MSS肠癌+胰腺癌放疗+双免Ⅱ期转移灶bulk
设计将微卫星稳定型结直肠癌（MSS CRC）患者分为接受放疗联合抗CTLA4（ipilimumab）和抗PD1（nivolumab）抗体治疗组与未接受放疗的对照组，采集转移性肿瘤组织进行RNA测序，比较两组间基因表达差异。
摘要Immune checkpoint blockade has limited efficacy in microsatellite stable (MSS) colorectal (CRC) and pancreatic (PDAC) cancer. Preclinical models have demonstrated the use of radiation to activate the…
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03 GSE235919 RAS突变mCRC双免+化疗肿瘤bulk（235917同试验配套）
设计针对RAS突变不可切除转移性结直肠癌（mCRC）患者，采用RNA-seq检测其肿瘤组织基因表达，将34名患者按治疗响应分为响应组与非响应组，比较两组间基因表达差异。
摘要While patients with microsatellite instable, metastatic colorectal cancer (CRC) benefit from immune checkpoint blockade, chemotherapy with targeted therapies remains the only therapeutic option for m…
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04 GSE289582 MSS mCRC三联治疗外周血T细胞分选bulk动态
设计对接受regorafenib、ipilimumab和nivolumab联合治疗的转移性结直肠癌患者，采集基线和治疗后4周、8周的外周血单细胞悬液，通过流式细胞术分选非初始CD4和CD8 T细胞，进行RNA测序以分析免疫动态变化，比较不同治疗阶段及不同应答组的免疫特征差异。
摘要Microsatellite-stable metastatic colorectal cancer (MSS mCRC) remains resistant to conventional immunotherapies, yet in a phase I trial the combination of regorafenib, ipilimumab, and nivolumab (RIN)…
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05 GSE289583 同试验肿瘤活检bulk，基线vs治疗后4周
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06 GSE302922 BRAF V600E mCRC三联治疗基线bulk
设计对接受encorafenib、cetuximab和nivolumab三联治疗的微卫星稳定型BRAFV600E转移性结直肠癌患者，采集基线组织样本进行RNA测序，根据治疗响应状态（PR/nonPR）比较转录组特征差异。
摘要The BRAF inhibitor encorafenib and anti-EGFR antibody cetuximab modestly improve survival for patients with microsatellite stable (MSS) BRAFV600E metastatic colorectal cancer (mCRC), characterized by…
人鼠都有
Human × Mouse
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02 GSE242839 肥胖巨噬细胞表达PD-1抑免疫（鼠模型+人单核验证）
鼠源单细胞
Mouse · Single-cell
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01 GSE176109 库普弗细胞+中性粒细胞致免疫治疗肝毒性
设计对结直肠癌免疫治疗模型中，将IL-12p40-IRES-EYFP转基因小鼠分为未经治疗组和anti-CD40治疗组，分别从肝脏和肿瘤中分选CD45+细胞及IL-12p40-EYFP+细胞进行单细胞RNA测序，比较不同处理条件下肝和肿瘤组织的转录组差异。
摘要Immunotherapy is revolutionizing cancer treatment, but is often restricted by toxicities. What distinguishes adverse events from concomitant antitumor reactions remains poorly understood. Here, using…
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02 GSE190105 PD-1×GITR-L双抗治CT26肠癌单细胞
设计对CT26小鼠肿瘤模型浸润的CD45+ bead enriched TILs进行单细胞RNA测序，比较vehicle组、低剂量（10 mg/kg）PD-1 GITR-L双特异性抗体组和高剂量（30 mg/kg）PD-1 GITR-L双特异性抗体组的基因表达差异。每组取两个肿瘤样本，通过肿瘤解离试剂盒制备单细胞悬液并经CD45阳性选择富集，采用Chromium和GEM-RT 3’ V3化学试剂盒完成测序，保留UMI数大于500的细胞用于下游分析。
摘要Single-cell mRNA sequencing of anti-PD-1 GITR-L bispecific antibody treated CT26 mouse tumor model infiltrating leukocytes
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03 GSE191129 anti-PD1给药后CD8 T细胞抗肿瘤状态单细胞+TCR
设计对两种小鼠结直肠癌模型（MC38和CT26）的CD45+肿瘤浸润淋巴细胞进行单细胞RNA测序和TCR测序，比较抗PD1处理组与未处理组的转录特征差异。MC38肿瘤在C57BL/6小鼠中植入后分别于Day6、Day13取材，CT26肿瘤在BALB/c小鼠中植入后分别于Day10、Day17取材。每个肿瘤类型包含4个治疗组：早期时间点未处理组（Day6/10）、晚期时间点未处理组（Day13/17）、等型对照抗体处理组（Day6/10和Day13/17）及抗PD1抗体处理组（同等型处理时间点），每组生物三复。CD45+细胞经FACS分选后进行单细胞测序，分析不同治疗条件下肿瘤浸润淋巴细胞的转录组变化。
摘要Immune checkpoint blockade (ICB) has led to durable clinical responses in multiple cancer types; however, biomarkers that identify which patients are most likely to respond to ICB are not well define…
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04 GSE194209 TIGIT阻断联合微波消融单细胞
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05 GSE206107 anti-PD-1臂下单细胞CRISPR免疫筛选肿瘤内在基因
设计对小鼠结肠组织来源的结直肠癌细胞进行单细胞 CRISPR 屏障，采用 Perturb-seq 和 CROP-seq 平台同步检测 mRNA 和 gRNA，比较不同 CRISPR 扰动（包括 gNC1、gNC2、gPrmt1、gRipk1、gAxl 细胞系）在体外和体内条件下对肿瘤内源性免疫调控的影响，评估其对 T 细胞杀伤及抗 PD-1 治疗的响应差异。
摘要Genetic screens using CRISPR technology are widely exploited to explore novel targets and discover resistance mechanisms of cancer treatments, including cancer immunotherapy. As it is a time- and res…
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06 GSE224400 肿瘤控制相关中性粒细胞应答单细胞
设计对MC38小鼠结直肠癌肿瘤中的CD45+细胞进行单细胞RNA测序，比较抗CD40治疗与未治疗组的转录特征。实验在治疗后两天进行，样本量为4个GSM记录，分组为治疗组（n=2）和未治疗组（n=1）。检测方式为单细胞RNA测序，材料为肿瘤组织中的CD45+细胞。
摘要Neutrophils accumulate in solid tumors and their abundance correlates with poor prognosis. Neutrophils are not homogenous, however, and could play different roles in cancer therapy. Here, we investig…
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07 GSE245743 嵌合抗原胞内表达逆转免疫耐药
设计对结直肠癌免疫治疗相关的小鼠模型进行单细胞RNA测序，采集肿瘤组织和引流淋巴结样本。将MC38肿瘤小鼠分为对照组（仅接种MC38细胞）和治疗组（接种MC38细胞并同时接种Bpmel-SIY-OVAII活疫苗），分别获取肿瘤浸润CD8+ T细胞和引流淋巴结单细胞样本。采用单细胞5' Library和Gel Bead Kit V3制备测序文库，使用Illumina Nextseq 2000平台进行测序，比较不同处理条件下肿瘤浸润CD8+ T细胞与引流淋巴结单细胞的转录组差异。
摘要The interaction of frameshift mutation-derived cancer neoantigens and cancer immunotherapy remains unknown. We found that live cell adjuvant or cDNA transfection in the muscle, which express MHC-clas…
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08 GSE249585 cDC1疫苗优于cDC2疫苗的单细胞证据
设计对小鼠肿瘤浸润淋巴细胞进行单细胞 RNA 测序，比较肿瘤-naïve 小鼠、接受 PBS 处理的肿瘤再挑战小鼠、接受 anti-PD1 处理的肿瘤再挑战小鼠和接受 cDC1 疫苗处理的肿瘤再挑战小鼠之间的基因表达差异。
摘要The potential of dendritic cell (DC) vaccination against cancer is not fully achieved. While next generation vaccines using adoptive transfer of natural DCs are explored, little is known about the pr…
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09 GSE260816 抗TIGIT+抗PD-L1经髓系+Treg增强疗效
设计将CT26小鼠结直肠癌模型分为接受anti-PD-L1、anti-TIGIT不同亚型（IgG2a LALAPG、IgG2a、mIgG2b）、anti-CSF1R及对照IgG2a处理组，收集血液和肿瘤组织CD45+细胞进行单细胞RNA测序，比较各组治疗对肿瘤相关巨噬细胞、单核细胞、树突状细胞及CD8+ T细胞状态的影响。
摘要Tiragolumab, an anti-TIGIT antibody with an active IgG1κ Fc, demonstrated improved outcomes in the phase 2 CITYSCAPE trial (ClinicalTrials.gov: NCT03563716) when combined with atezolizumab (anti-PD-L…
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10 GSE262873 microRNA转录态定义肿瘤内CD8 T（CRISPR筛选）
设计对Syngeneic MC38 CRC植入异位肿瘤模型中CD45+免疫细胞进行单细胞RNA测序，比较miR-155 fl/fl与miR-155 fl/fl CD4Cre+/-基因型小鼠在雄性和雌性中的anti-PD-1处理组与PBS对照组转录特征差异。每组治疗条件由6-8只小鼠肿瘤混池制备，共包含8个混池样本。
摘要Rising rates of advanced-stage colorectal cancer (CRC) and poor survival rates necessitate effective therapeutic options. Immune checkpoint inhibition (ICI), specifically anti-PD-1 therapy, shows pot…
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11 GSE275609 放射药物+检查点阻断的肿瘤免疫动态
设计将B78黑色素瘤和MC38结直肠癌肿瘤小鼠按免疫原性分组，分别给予90Y-NM600、177Lu-NM600、225Ac-NM600或EBRT辐射处理（day 1）并联合免疫检查点抑制剂（ICI）在days -3/0/3给药，或单独使用ICI。肿瘤在day 15收获后解离，分离浸润性免疫细胞进行单细胞RNA测序和TCR测序，比较不同放射性同位素与ICI联合治疗对免疫反应的影响。
摘要Radiopharmaceutical therapy (RPT) enhances tumor response to immune checkpoint inhibitors (ICI) in preclinical models, but the effects of different radioisotopes have not been compared. To evaluate m…
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12 GSE279544 表观+细胞因子疗法绕过检查点耐药
设计对结直肠癌模型小鼠的肿瘤微环境和配对淋巴结中CD45+免疫细胞进行单细胞RNA测序，分析不同治疗组（包括PBS、anti-PD1、entinostat、N-803及其组合）的免疫亚群特征及细胞间通讯模式，比较各组间肿瘤和淋巴结的转录组差异。
摘要Checkpoint blockade (CPB) has limited efficacy in patients with colorectal carcinoma (CRC), warranting improved therapeutic approaches. Here, we find the combination of anti-PD-1, the class I histone…
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13 GSE297617 p53高频突变治疗性抗体（LNP-mAb瘤内给药）单细胞
设计对结直肠癌模型小鼠的CD45+肿瘤浸润细胞进行单细胞RNA测序，比较脂质纳米颗粒递送的对照抗体与P20-mAb处理组的免疫细胞转录组差异。MC38-p53KO/R175H细胞系接种于6–8周龄C57BL/6J小鼠皮下，肿瘤形成后第10天单次腹腔注射LNP-Ctrl或LNP-P20-mAb（40 μg/只），分离CD45+细胞后进行scRNA-seq分析。
摘要The tumor suppressor p53 is the most frequently mutated gene in human cancers, yet therapeutically targeting its diverse mutant forms remains a major challenge. Here, we developed a conformation-spec…
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14 GSE298152 anti-PD1/anti-CTLA4臂下TIL单细胞+TCR
设计对结直肠癌免疫治疗模型小鼠的肿瘤浸润T淋巴细胞进行单细胞RNA测序，设置同型对照、抗PD1、抗CTLA4和联合抗PD1/CTLA4治疗四组，每组两个重复，比较各组间转录组差异。
摘要In cancer models, CD103+CD8 TRM cells are implicated in the response to anti-PD-1 immunotherapy, and a subset of CD4 TRM cells expressing the integrin CD49a is required for response to anti-CTLA-4 im…
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15 GSE298274 RAC1A159V突变促免疫抑制微环境（anti-PD1臂）
设计本研究对MC38肿瘤细胞系中野生型和RAC1A159V突变型细胞分别进行IgG对照和aPD1处理，采用单细胞RNA测序技术检测其转录组变化，比较不同基因型与处理条件下的细胞转录特征差异。
摘要Immune checkpoint inhibitors that activate cytotoxic T lymphocytes to kill cancer cells have seen great success in therapies against various tumor types. However, the overall response rate in patient…
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16 GSE298348 SPP1过表达+anti-PD1臂的谱系分化单细胞
设计将MC38细胞系稳定转染SPP1或载体建立OE-SPP1与OE-vector分组，注射至C57BL/6小鼠形成肿瘤。七天后两组小鼠均接受anti-PD1（10 mg/kg，每周两次）治疗，两周后取肿瘤组织进行单细胞RNA测序，比较两组肿瘤微环境中细胞组成差异。
摘要SPP1 (secreted phosphoprotein 1), also known as osteopontin, has emerged as a pivotal factor in the tumor microenvironment (TME) across various cancers. It has been reported that SPP1-positive macrop…
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17 GSE299287 IL-2/CD25联合抗PD-1的免疫效应
设计将BALB/c小鼠CT26肿瘤模型分为四组，分别接受PBS、200ug anti-PD-1、100ug mIL-2/CD25或联合治疗，于治疗第0天和第3.5天进行处理。治疗后第7天取材，通过CD45磁珠富集和FACS分选获得CD45+活细胞，采用单细胞RNA测序和TCR测序检测转录组特征与T细胞受体多样性，比较各组间CD8+ T细胞效应表型差异。
摘要Targeting IL-2 to CD8+ T cells expressing CD25 or PD-1 elicits optimal antitumor and antiviral CD8+ T cell responses. These effects are augmented when co-administered with PD-1/PD-L1 blockade. Here, …
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18 GSE307901 造血Tet2失活增强检查点阻断应答
设计将C57BL/6J雌性小鼠按Tet2wt和Tet2het基因型分组，每组分别接受anti-PD-1阻断抗体（5只/组）或同型对照（3只/组）处理，每2天给药3次。处理结束后48小时处死小鼠，分离CD45+肿瘤浸润性白细胞进行单细胞RNA测序，比较不同基因型处理组间细胞转录特征差异。
摘要Somatic mutations inactivating TET2 are among the most common drivers of clonal hematopoiesis (CH). While TET2 inactivation is associated with monocyte-derived inflammation and improved chimeric anti…
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19 GSE335282 髓系桥接先天+适应性抗肿瘤免疫
设计将C57BL/6小鼠接种5×10^6 MC38细胞建立结直肠癌肿瘤模型，按治疗方案分为等剂量对照组（等摩尔对照剂量）、αPCSK9单药组（7.2 mg/kg）、mSIRPαD1-Fc单药组（4 mg/kg）、联合治疗组（4 mg/kg mSIRPαD1-Fc+7.2 mg/kg αPCSK9）和双靶点融合蛋白单药组（11.0 mg/kg），所有药物均经腹腔注射每周两次。治疗14天后收集肿瘤组织，每组3个肿瘤混池后通过酶解获得单细胞悬液，流式分选CD45⁺（免疫）和CD45⁻（非免疫）细胞并按2:1比例混合，最终采用10x Genomics单细胞3’协议进行scRNA-seq检测，比较各组间转录组差异。
摘要Macrophage-directed immunotherapy has emerged as a promising strategy to eliminate tumors by unleashing phagocytosis, exemplified by blockade of the CD47-SIRPα “don’t eat me” axis. However, despite r…
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20 GSE335907 KRAS-G12C抑制联合anti-PD-1增敏单细胞
设计对携带 KRASG12C 突变的小鼠肺和结肠癌模型进行单细胞 RNA 测序，比较不同处理组（vehicle、sotorasib、trametinib、anti-PD-1 或组合治疗）的肿瘤细胞状态及免疫微环境差异。每组 3 只小鼠肿瘤混池后 dissociated 为单细胞悬液，经 flow sorting 分离 viable 细胞，每样本约 10,000 个细胞。研究对象包括 CT26 肿瘤、KPG12C 肺肿瘤及培养的 CT26 细胞，检测涵盖肿瘤细胞增殖与免疫活性状态变化。
摘要KRASG12C inhibitors have demonstrated promising clinical activity in KRASG12C-mutant cancers; however, therapeutic resistance commonly emerges. To investigate the impact of KRASG12 inhibition on the …
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21 GSE350945 TIM-3/CTLA-4双抗DC-T engagers增强免疫
设计对结直肠肿瘤组织和肿瘤引流淋巴结进行单细胞RNA测序，处理为TIM-3/CTLA-4双特异性抗体，比较处理组与未处理对照组的差异。
摘要Current immune checkpoint blockade (ICB) largely targets dysfunctional T cells but remains limited by insufficient effector T-cell infiltration, highlighting upstream constraints on immune priming. A…
鼠源空转
Mouse · Spatial transcriptomics
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01 GSE273489 宿主遗传背景塑造有利免疫治疗应答（Visium）
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02 GSE284989 胆固醇代谢关联免疫治疗耐药（空间图谱）
设计对结直肠癌相关 MC38 肿瘤模型进行空间转录组学分析，将 16 只接受 IgG 对照或 aPD-1 抗体治疗的小鼠肿瘤组织分为 FFPE 和新鲜冷冻两半，分别进行 Visium 空间转录组测序，比较治疗组与对照组肿瘤细胞胆固醇代谢特征、炎症反应及 T 细胞浸润差异。
摘要Immune checkpoint inhibitors (ICIs) have transformed the treatment landscape across multiple cancer types achieving durable responses for a significant number of patients. Despite their success, many…
鼠源bulk
Mouse · Bulk RNA-seq
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01 GSE132004 EP4拮抗剂处理CT26肿瘤表达谱
设计将结直肠癌免疫治疗相关的小鼠CT26同源肿瘤组织按vehicle、BY001（75 mg/kg, p.o., daily）、anti-PD-1抗体（50 μg/mouse, i.p., twice a week）及BY001联合anti-PD-1抗体四组处理，每组取两个独立生物重复样本，采集总RNA进行Agilent SurePrint G3 Mouse GE V2.0微阵列分析，比较各处理组间基因表达差异。
摘要To explore the mechanisms resposible for the synergistic effect between EP4 antagonist BY001 and anti-PD-1 antibody, we conducted a microarray analysis on gene expression profiles in CT26 syngenetic …
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03 GSE144139 MEK抑制联合抗CD40抗体协同
设计研究对象为MC38肿瘤模型，被测材料为总RNA。将MC38全肿瘤组织按治疗组别分别提取RNA，各组处理包括载体+对照IgG、载体+CD40 mIgG1、MEK抑制剂+对照IgG、MEK抑制剂+CD40 mIgG1。采用微阵列平台进行转录组分析，样本经质量控制后通过RMA归一化方法处理。主要比较各处理组间基因表达差异，特别是MEK抑制剂与抗CD40抗体联合治疗组与其他组的对比。
摘要Cancer types with lower mutational load and a non-permissive tumor microenvironment are intrinsically resistant to immune checkpoint blockade. While the combination of cytostatic drugs and immunostim…
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04 GSE162799 GITR/OX40激动剂+疫苗+N-803多臂治疗MC38-CEA
设计将 CEA 转基因小鼠植入 MC38-CEA 肿瘤后，按不同治疗方案分组：单独使用 Ad-CEA、N-803、OX40、GITR 或 IDO 抑制剂，组合使用 Ad-CEA+N-803、Ad-CEA+N-803+OX40、Ad-CEA+N-803+GITR、Ad-CEA+N-803+IDO 抑制剂或五药联用（Pentatherapy），于移植后第 28 天采集肿瘤组织进行 RNA 测序，比较各治疗组对肿瘤生长的抑制效果及免疫相关分子表达差异。
摘要Immunotherapy of immunologically cold solid tumors may require multiple agents to (a) engage immune effector cells, (b) expand effector populations and activities, and (c) enable immune response in t…
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05 GSE171274 PD-1条件性敲除+anti-PD-1给药的CD8 T内在抑制
设计对MC-38结肠癌模型小鼠的肿瘤组织进行RNA测序，比较野生型小鼠接受anti-PD-1抗体muDX400处理与PD-1条件性敲除（PD1cKO）小鼠的基因表达差异。野生型小鼠在肿瘤植入后第7、11、15天接受muDX400抗体注射（每4天一次，共四次），PD-1cKO小鼠在肿瘤植入后第6-7天连续5天注射tamoxifen（40 mg/kg）。所有样本均为肿瘤组织，未提及混池方式，检测方式为RNA-Seq，主要比较PD-1抑制状态下的肿瘤微环境差异。
摘要PD-1 blockade has a profound effect on the ability of the immune system to eliminate tumors but many questions remain about the cell types involved and the underlying mechanisms of immune activation.…
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06 GSE192796 免疫治疗应答耐药中蛋白酶失调
设计针对结直肠癌免疫治疗，研究使用携带B2m或Jak1基因功能丧失突变的MC38肿瘤细胞接种6-8周龄雌性C57BL/6小鼠，分为aPD1治疗组和IgG1对照组，每组5只。在接种后第7、10、13天进行三次100 ug aPD1或IgG1静脉注射，采集肿瘤组织进行RNA测序，并通过质谱检测尿液中传感器的释放情况。比较不同基因型组在治疗后的反应差异。
摘要Immune checkpoint blockade (ICB) therapy does not benefit the majority of treated patients, and those who respond to the therapy can become resistant to it. Here we report the design and performance …
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07 GSE214622 氨基酸限制饮食联合抗PD-L1
设计对结直肠癌免疫治疗bulk研究中，将cecum orthotopic CT26肿瘤组织分别来自接受正常饮食（ND）和硫氨基酸限制饮食（SARD）的IgG处理组及anti-PD-L1处理组小鼠，采集肿瘤组织进行RNA-Seq测序，比较四种处理条件下的基因表达差异。
摘要Since both endogenous synthesis in tumor cells and bacterial sulfur reduction activities are sources of H2S in colon cancer microenvironment, in addition to using CBS -/+ mice, we also investigated t…
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08 GSE218603 抗PD-1+dasatinib治疗肝转移
设计对结直肠癌免疫治疗小鼠模型的肝转移瘤进行RNA测序，比较仅接受抗PD-1抗体治疗组与同时接受抗PD-1抗体和达沙替尼治疗组的基因表达差异。将CT26细胞移植至BALB/c小鼠脾脏形成肝转移，两组分别在移植后第1、7、13天接受抗PD-1抗体治疗，其中治疗组每日额外给予达沙替尼。第14天取肝转移瘤组织，提取总RNA构建cDNA文库并进行高通量测序。
摘要In order to investigate whether dasatinib, a stromal inhibitor, could increase the sensitivity to immunotherapy for metastatic colorectal cancer, we generated a mouse model of liver metastasis. We pe…
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09 GSE221784 土木香倍半萜内酯增强抗肿瘤免疫
设计对MC38肿瘤组织进行RNA测序，比较SFIH单用、anti-PD-1抗体单用、联合治疗及vehicle对照组的基因表达差异。将野生型小鼠按不同处理条件分组，每组包含3个独立样本（MC_Con1-3、MC_Hx1-3、MC_PD1-3、MC_Comb1-3），检测时间为Day 19，分析SFIH与anti-PD-1抗体联合处理对肿瘤细胞基因表达的影响。
摘要Treatment strategies combining immune checkpoint inhibitors with sesquiterpene lactones have attracted much attention as a promising approach for cancer treatment. We systemically analyzed gene expre…
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10 GSE235112 I型干扰素信号决定CD47-SIRPα阻断疗效
设计将MC38细胞分为处理组和对照组，在6、24和48小时时间点分别进行IFN-α处理或不处理，采集细胞进行RNA-seq分析，比较处理组与对照组在不同时间点的基因表达差异。
摘要Type I interferons (IFN-Is) have been well recognized for their roles in immune cells in tumor immunotherapy. However, their direct effects on tumor cells are less understood. Oxidative phosphorylati…
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11 GSE237820 癌细胞膜纳米药靶向CDKs激活免疫
设计对MSS/pMMR亚型结直肠癌肝转移模型小鼠的CT26细胞分别采用PBS、NP@M、NP-D@M、NP-D@MP处理24小时，提取总RNA进行RNA测序，比较不同处理条件下肿瘤微环境转录组差异。
摘要Immunotherapy based on the PD-1/PD-L1 axis blockade has no benefit for patients diagnosed with colon cancer liver metastasis (CCLM) for the MSS/pMMR subtype, which is known as an immune-desert cancer…
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12 GSE238087 同上纳米药研究配套数据
设计将小鼠肿瘤相关髓样细胞（TAMCs）分为 PBS、NP@M、NP-D@M 和 NP-D@MP 四组，每组分别接受 24 小时处理，提取总 RNA 进行 RNA 测序，比较不同处理条件下 TAMCs 的基因表达差异。
摘要Immunotherapy based on the PD-1/PD-L1 axis blockade has no benefit for patients diagnosed with colon cancer liver metastasis (CCLM) for the MSS/pMMR subtype, which is known as an immune-desert cancer…
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13 GSE247303 FAPI PET评估免疫并指导TGF-β抑制
设计对结直肠癌肝转移小鼠模型的肿瘤组织进行RNA-seq分析，比较PBS对照、TGF-βR1抑制剂SB525334、PD-L1/CTLA4抑制剂KN046及SB525334与KN046联合治疗四组间的基因表达差异。研究对象为携带MC38肝转移的C57BL/6小鼠，样本来源为肝转移灶，检测方式为RNA-Seq，按总单位数与组数估计每组4只小鼠接受相应处理后采集组织。
摘要BACKGROUND. Improving and predicting tumor response to immunotherapy remains challenging. Combination therapy with a transforming growth factor β (TGF-β) inhibitor that targets cancer associated fibr…
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14 GSE249000 免疫治疗获得性耐药分子特征（CT26模型）
设计将CT26小鼠结直肠癌细胞系分为亲本细胞（IFNγ未处理、IFNγ处理）及第2轮和第4轮获得性免疫检查点阻断（ICB）耐药细胞系（各含IFNγ未处理、IFNγ处理），通过体外IFNγ刺激后进行bulk RNA-seq检测，比较不同耐药轮次细胞系与亲本细胞系在IFNγ处理下的转录组差异。
摘要Although immunotherapy with PD-(L)1 blockade is routine for lung cancer, little is known about acquired resistance. Among 1,201 patients with non-small cell lung cancer (NSCLC) treated with PD-(L)1 b…
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15 GSE265991 片仔癀增强自体T细胞杀伤
设计本研究针对结直肠癌免疫治疗，使用HCT116、HCT15、SW480细胞系及五种患者来源的类器官（PDOs），分别进行PBS对照、PZH处理、抗PD-1处理及联合处理，通过Western blot、免疫荧光、流式细胞术检测相关蛋白表达，评估T细胞扩增及共培养后的CRC细胞和PDOs存活率，比较不同处理组间PD-L1、STAT3及干细胞标志物的表达差异。
摘要Aim: The aim of this study is to explore the impact of Pien Tze Huang (PZH) on enhancing T cell cytotoxicity by modulating colorectal cancer stem cell (CRC-CSC) markers, programmed death protein liga…
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16 GSE273487 宿主遗传决定免疫治疗应答QTL图谱（CC品系）
设计将MC38结直肠癌细胞系植入遗传多态性小鼠宿主，采用C57BL/6J与不同CC品系杂交的宿主遗传背景，分设aPD1处理组与等量异型对照组，每组包含两个生物重复，通过RNA-Seq检测肿瘤基因表达差异，比较响应者与非响应者宿主品系间的遗传调控特征。
摘要Identifying host genetic factors modulating immune checkpoint inhibitor (ICI) efficacy has been experimentally challenging because of variations in both host and tumor genomes, differences in the mic…
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17 GSE273488 同上研究配套bulk（RNA-Seq II）
设计将MC38结直肠癌细胞系植入遗传多样的宿主小鼠，每品系植入四个肿瘤，其中两个接受aPD1治疗，两个作为同型对照。处理包括aPD1单独、aPD1与aIL2RB联合、aPD1与aGMCSF联合、aPD1与aGMCSF及aIL2RB三联，以及同型对照。通过RNA测序分析不同处理组与对照组的基因表达差异，比较响应与非响应品系的转录组变化。
摘要Identifying host genetic factors modulating immune checkpoint inhibitor (ICI) efficacy has been experimentally challenging because of variations in both host and tumor genomes, differences in the mic…
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18 GSE284264 胆固醇代谢关联免疫治疗耐药bulk
设计对结直肠癌免疫治疗相关 MC38 肿瘤模型进行 bulk RNA-seq 和空间转录组学分析，比较 IgG 对照组与 aPD-1 治疗组的肿瘤组织特征。将 16 个 MC38 肿瘤样本随机分为 IgG（n=8）和 aPD-1（n=8）处理组，分别在治疗第 5 天采集新鲜冷冻肿瘤组织，采用 Qiagen RNeasy Plus Universal mini kit 提取总 RNA 并进行 poly(A) 富集，使用 STAR v2.6 对齐至 GRCm38 基因组。空间转录组学分析覆盖 48,636 个转录组位点，同时获取正交组织学和 bulk-RNA 测序数据用于验证。
摘要Immune checkpoint inhibitors (ICIs) have transformed the treatment landscape across multiple cancer types achieving durable responses for a significant number of patients. Despite their success, many…
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19 GSE298273 RAC1A159V促免疫抑制bulk+CRISPR
设计将MC38细胞系的野生型（WT）和RAC1A159V突变型细胞分别接受IgG（对照）和aPD1（治疗）处理，每组3个样本，进行bulk RNA-seq，比较不同基因型与处理组间的基因表达差异。
摘要Immune checkpoint inhibitors that activate cytotoxic T lymphocytes to kill cancer cells have seen great success in therapies against various tumor types. However, the overall response rate in patient…
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20 GSE347086 抗PD-1联合FGFR抑制剂转录谱
设计将25只BALB/c小鼠按CT26皮下肿瘤模型分组，随机分配至四个处理组（Rat IgG2a+PBS对照组、anti-PD-1抗体组、FGFR抑制剂AZD4547组、AZD4547联合anti-PD-1抗体组），采集肿瘤组织进行bulk RNA-seq测序，比较各组间基因表达差异。
摘要This study investigated the transcriptomic effects of anti-PD-1 immunotherapy combined with the FGFR inhibitor AZD4547 in a CT26 colorectal cancer syngeneic mouse model. BALB/c mice bearing CT26 subc…
鼠模型·库标other
Mouse · Other (SC + Spatial)
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01 GSE205305 IL-7疗法促炎化肿瘤微环境（BALB/c鼠单细胞+空转）
设计将CT26结直肠癌细胞注射至6-8周龄Balb/c小鼠体内，于移植后第11和13天对rIL7治疗组进行腹腔给药，第14-15天采集组织标本进行单细胞RNA测序与空间转录组分析，比较治疗组与未处理对照组的免疫细胞互作差异。
摘要Immune checkpoint inhibitors unleash inhibitory signals on effector T cells inflicted by tumor and surrounding stromal cells. Despite the great success of PD-1 inhibitors in a fraction of cancer pati…
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02 GSE205306 同上研究Visium配套
设计将CT206结直肠癌细胞移植至6-8周龄Balb/c小鼠，治疗组在移植后第11天和第13天腹腔注射10ug重组小鼠IL7，对照组未处理。于移植后第14-15天获取组织标本，采用单细胞RNA测序和空间转录组技术分析肿瘤微环境，比较治疗组与对照组髓样细胞及T细胞的相互作用差异。
摘要Immune checkpoint inhibitors unleash inhibitory signals on effector T cells inflicted by tumor and surrounding stromal cells. Despite the great success of PD-1 inhibitors in a fraction of cancer pati…
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03 GSE205307 髓系+T细胞共刺激抗肿瘤应答（单细胞+空转）
设计针对结直肠癌免疫治疗，将CT26结直肠癌细胞注射至Balb/c小鼠体内，移植后第11和13天对rIL7处理组腹腔注射10ug重组小鼠IL7，对照组注射PBS。在移植后第14-15天获取组织样本，采用流式细胞术、组织免疫染色、单细胞RNA测序及空间转录组技术分析，比较rIL7处理与PBS对照组的免疫细胞相互作用差异。
摘要Immune checkpoint inhibitors unleash inhibitory signals on effector T cells inflicted by tumor and surrounding stromal cells. Despite the great success of PD-1 inhibitors in a fraction of cancer pati…
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